MultipluginG
Softvér MultipluginG je efektívnym plugin-rozšírenim programu Geneious pre potreby manipulácie s dátami získanými z NextGen sekvenovania. Je určený predovšetkým pre DNA sekvenátory, ktoré sa vyznačujú výskytom inzerčno-delečných sekvenačných chýb (napr. Roche GS), avšak jeho funkcionalita vie byť prínosom aj pri iných typoch DNA sekvenátorov.
Softvér MultipluginG umožňuje:
- Identifikovať skupiny readov, ktoré pokrývajú približne tú istú oblasť referenčnej sekvencie (ďalej referované ako amplikónové skupiny). Softvér je schopný rýchlo roztriediť jednotlivé ready aj vtedy, ak sa prekrývajú na časti sekvencie.
- Filtrovať stĺpce zarovnania na základe percentuálneho podielu gapov na pozíciach s gapom v referenčnej sekvencii. Filtrovanie je aplikované postupne na amplikónové skupiny. Táto funkcionalita automatizuje odstraňovanie stĺpcov s malým počtom báz a gapom v referenčnej sekvencii, ktoré vznikajú pri inzerčných chybách DNA sekvenátora.
- Identifikovať a nahradiť stĺpce zarovnania na základe percentuálneho podielu báz odlišujúcich sa od referenčnej bázy. Filtrovanie je aplikované postupne na amplikónové skupiny. V prípade, že počet rozličných báz nedosiahne požadovanú hranicu, všetky bázy stĺpca amplikónovej skupiny sú nahradené referenčnou bázou. Táto funkcionalita sprehľadňuje výsledné zarovnanie a opravuje chyby spôsobené nesprávnym prečítaním báz DNA sekvenátorom.
- Pomocou prehľadného grafu nad sekvenciou zobraziť pozície filtrovaných stĺpcov a počty nahradených báz.
- Pomocou separátneho okna zobrazovať štatistiky pre jednotlivé stĺpce zarovnania (prejdením myši nad daný stĺpec). Pre každú amplikónovú skupinu je zobrazená separátna štatistika.
- Zobraziť štatistiky stĺpcov pre jednotlivé amplikónové skupiny zoradené podľa počtu mutácií v prehľadnej tabuľke. Stĺpce môžu byť navyše filtrované na CDS pozície.
- Triediť a filtrovať zarovnania podľa smeru readov.
Pre ďaľšie informácie prosím kliknite tu.
Pre informácie o cene nás prosím kontaktujte na office@adinis.sk. Na požiadanie Vám vieme zaslať aj skúšobnú trial verziu.
MultipluginG – obrázky
Produkty
- ADICyt na automatizované klastrovanie dát z prietokovej cytometrie
- ADprot na automatizované vyhľadávanie dát v proteínových databázach
- ExProf na zostavovanie a porovnávanie expresných profilov
- InDelFinder na automatizované vyhľadávanie mutácií v sekvenciách DNA
- Logit na automatickú detekciu závislostí v dátach pomocou logistickej regresie
- MultipluginG na pridanie funkcionality k programu Geneious pre potreby NextGen sekvenovania
- Parent Prophet na zisťovanie príbuzenstva ľubovoľných osôb