ADprot
Pri experimentálnej analýze proteínov metódou hmotnostnej spektrometrie sa získavajú základné údaje o identifikovaných proteínoch študovaného biologického organizmu. Výstupom experimentálneho merania sú údaje z proteomických databáz limitované rozsahom formátu FASTA, ktoré sú doplnené vybranými výsledkami samotného experimentálneho merania. Súčasťou spracovania a vyhodnotenia výsledkov je manuálne vyhľadávanie ďalších údajov o jednotlivých proteínoch v dostupných elektronických databázach.
Na automatizáciu týchto činností bol vyvinutý softvérový nástroj ADprot, ktorý umožňuje:
- automatizované vyhľadávanie vybraných údajov z voľne dostupných proteínových databáz UNIPROT a NCBI, ich integráciu s experimentálnymi výsledkami získanými hmotnostnou spektrometriou a ukladanie do lokálnej databázy
- načítavanie a aktualizáciu vybraných údajov o proteínoch získaných z proteínových databáz UNIPROT a NCBI
- načítavanie experimentálnych údajov o proteínoch identifikovaných hmotnostnou spektrometriou, vrátane sekvencií peptidov, podľa ktorých boli jednotlivé proteíny v meraniach identifikované
- generovanie výstupnej zostavy v rôznych formátoch
- možnosť ukladania dát na databázový server alebo lokálne v súborovom systéme
ADprot bol vyvinutý v spolupráci s Virologickým ústavom SAV.
Produkty
- ADICyt na automatizované klastrovanie dát z prietokovej cytometrie
- ADprot na automatizované vyhľadávanie dát v proteínových databázach
- ExProf na zostavovanie a porovnávanie expresných profilov
- InDelFinder na automatizované vyhľadávanie mutácií v sekvenciách DNA
- Logit na automatickú detekciu závislostí v dátach pomocou logistickej regresie
- MultipluginG na pridanie funkcionality k programu Geneious pre potreby NextGen sekvenovania
- Parent Prophet na zisťovanie príbuzenstva ľubovoľných osôb