ADICyt
O programe
ADICyt je softvérový nástroj pre efektívnu analýzu dát z prietokovej cytometrie. Dôraz je kladený predovšetkým na využitie metód strojového učenia na dáta získane pomocou štatistických algoritmov za účelom zrýchlenia a automatizácie štandardných analýz a hľadania nových populácií. Softvér využíva vlastný algoritmus ADINIS, ktorý sa v medzinárodnej súťaži FlowCap, organizovanej renomovanými pracoviskami z USA a Kanady umiestnil na prvom mieste vo všetkých zúčastnených kategóriach.
Algoritmus
Jadrom algoritmu pre automatickú identifikáciu populácií je klastrovanie založené na Student’s-t mixture modeloch. Klastrovanie môže bežať v dvoch módoch. Prvý, viacdimenzionálny mód, pri určovaní bunkových populácií v jednom behu uvažuje naraz všetky dimenzie . Druhý, iteratívny mód, hierarchicky zhora nadol rozdeľuje dáta, pričom vytvára sekvenciu gate-ov napodobňujúc prácu ľudského experta. V ľubovoľnej úrovni rozdeľovania sa algoritmus snaží nájsť optimálnu 2D-projekciu, ktorá čo najvýraznejšie oddelí dáta na viacero podpopulácií.
Kritické časti algoritmu sú naimplementované tak, aby bežali na NVIDIA GPU za pomoci CUDA C technológie, čo výrazne urýchľuje beh algoritmu. V prípade, že takáto grafická karta sa na počítači nenachádza, algoritmus použije CPU, pričom použije všetky dostupné jadrá na zrýchlenie behu. Jeden beh algoritmu pre 2 dimenzie na 80000 bunkách trvá na GPU ( NVIDIA GeForce GTX 285 ) približne 13 sekúnd. Na štyroch CPU jadrách ( Intel® Core™ i5-750 ) trvá beh približne 46 sekúnd.
ADICyt môže bežať buď lokálne alebo v serverovom móde kde výpočtovo náročné časti algoritmu bežia na serveri.
ADICyt bol vyvinutý v spolupráci s Ústavom experimentálnej onkológie SAV.
ADICyt – demonštračné video
ADICyt - plná verzia
Stiahnuť teraz:
Pre aktivovanie plnej verzie nám pošlite hardverový kľúč na: office@adinis.sk.
Produkty
- ADICyt na automatizované klastrovanie dát z prietokovej cytometrie
- ADprot na automatizované vyhľadávanie dát v proteínových databázach
- ExProf na zostavovanie a porovnávanie expresných profilov
- InDelFinder na automatizované vyhľadávanie mutácií v sekvenciách DNA
- Logit na automatickú detekciu závislostí v dátach pomocou logistickej regresie
- MultipluginG na pridanie funkcionality k programu Geneious pre potreby NextGen sekvenovania
- Parent Prophet na zisťovanie príbuzenstva ľubovoľných osôb